El diferendo entre la Iglesia Católica y la Pontificia Universidad Católica del Perú(PUCP) se remite a su fundación, en marzo de 1917. Entonces, la dirección de la casa de estudios designó a un Consejo Superior para asuntos de gobierno y a un Consejo de Administración para gestiones financieras.
Para fines de 1933, el primer testamento de don José de la Riva-Agüero y Osma nombra a la universidad como heredera de sus bienes y crea una junta administradora de los mismos por veinte años. De acuerdo a la casa de estudios, en dos testamentos siguientes se confirmó a la PUCP como la única heredera de los bienes. En 1942, recibe el título de Pontificia del Papa Pío XII. Dos años luego, murió de la Riva-Agüero. Tras inscribir a la PUCP como usufructuaria de los bienes, veinte años luego de la muerte de Riva-Agüero, la Universidad Católica se hizo propietaria de la herencia.
Ya en los noventas, las relaciones con la Iglesia Católica aún estaban en buenos términos. El representante del entonces cardenal Luis Vargas Alzamora en la junta administrativa de la herencia acordó en reconocer que la junta ya tenía injerencia sobre la propiedad (1994).
Las tensiones comenzaron con el arzobispado del cardenal Juan Luis Cipriani (1999), reconocido por la PUCP como Gran Canciller. Para octubre 2006,Cipriani empieza a exigir cuentas a la Junta Administradora de los bienes, a través de su representante, Walter Muñoz Cho.
06/03/2007
La PUCP presentó acción de amparo ante exigencias de la Iglesia, que, señala la casa de estudios, atentaban contra su autonomía.
22/10/2007
Justicia declaró improcedente en primera instancia la acción de amparo.
09/05/2008
Muñoz Cho demandó a la universidad ante el 1er. Juzgado Civil por su negativa a rendir cuentas a la Iglesia. Se admite la demanda recién en marzo de 2009.
16/06/2008
La universidad contrademandó a Muñoz Cho en el mismo fuero. Se admite la demanda casi tres semanas después.
24/04/2009
Justicia declaró improcedente en segunda instancia la acción de amparo de la PUCP.
13/05/2009
La universidad acude al Tribunal Constitucional (TC) porque afirma que votos de vocales sí apoyaban acción de amparo.
19/04/2010
El TC declaró infundado el reclamo de la PUCP.
22/06/2010
El rector de la PUCP, Marcial Rubio, denunció que la pretensión de la Iglesia es administrar bienes de la casa de estudios incluso los comprados durante el siglo XXI y tener mayores injerencias en la labor educativa.
01/03/2011
Poder Judicial difundió resolución que dispone inscribir en las fichas registrales de todos los inmuebles de la PUCP el fallo del TC que favoreció al Arzobispado de Lima.
16/07/2011
La Congregación para la Educación Católica de la Santa Sede se pronunció sobre los estatutos de la PUCP y le solicitó adecuar su reglamento a la Constitución Apostólica Ex Corde Ecclesiae, dada por el papa Juan Pablo II en 1990, que rige el funcionamiento de las universidades católicas. Entre las principales reformas, se establece que el Gran Canciller (Cipriani) puede proponer a la Congregación el nombre del rector, el que será nombrado por el arzobispo a partir de los tres candidatos elegidos por la asamblea universitaria. Ante ello, la PUCP reclama su autonomía y apego a la ley peruana sobre la ley del Vaticano.
22/08/2011
La Asamblea Nacional de Rectores respaldó a la PUCP en el diferendo.
23/09/2011
En Asamblea Universitaria, la PUCP rechazó implementar las modificaciones del Vaticano en su reglamento, en defensa de su autonomía. Sin embargo, afirmó que estaba a disposición del diálogo con Cipriani, principal impulsor de las reformas.
La Quinta Sala Civil de la Corte Superior de Lima rechazó, en segunda instancia, el pedido del Arzobispado de Lima para que el proceso sobre la interpretación de los testamentos de José de la Riva Agüero a favor de la PUCP concluya de manera anticipada tomando como referencia la sentencia del TC. El PJ confirmó el fallo en octubre. Este proceso se ventila en el Décimo Sexto Juzgado Civil.
05/12/2011
Llegó a Lima el enviado del Papa Benedicto XVI, Péter Erdö, a fin de discutir el diferendo con los máximos representantes de ambos bandos. Las reuniones sirvieron para la redacción de un informe sobre el cual el Vaticano tomó su reciente decisión
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